На 5-ти септември, 1943 г., Борис III – царят Обединител – е погребан в Рилския манастир.
Гробът на цар Борис III Обединител се намира в главния храм на Рилския манастир. Днес тук е погребано само сърцето му, открито при проучване на унищожения втори гроб на Царя в двореца Врана, където той е бил препогребан в 1946 г., припомня "Плевен прес".
Цар Борис III умира неочаквано от инфаркт след кратко боледуване в 16:22 ч. на 28-ми август 1943 г., скоро след завръщането си от визита при Хитлер.
Според дневника на германския аташе в София по това време, полк. фон Шьонебек, двамата германски доктори, които са се грижили за царя – Зайц и токсикологът Ханс Епингер, са вярвали, че Борис е починал от същата отрова, която д-р Епингер е намерил две години по-рано при аутопсията на гръцкия министър-председател Йоанис Метаксас – действа в продължение на седмици, причинявайки появата на петна по кожата.
Слухове за смъртта на Борис III сочат, че царят е отровен по нареждане на Хитлер, който бил силно раздразнен след последната си среща с българския владетел заради отказа му да предаде българските евреи и да изпрати войски срещу СССР. Според министър председателя проф. Богдан Филов обаче, в последната си среща Хитлер и Борис III са обсъждали само изпращането на допълнителни български войски в Западните Балкани, но не и срещу СССР. Синът му Симеон Сакскобургготски не отрича тази версия, но посочва като вероятна и хипотезата, че интерес от смъртта на царя е имал и СССР, като в случая е възможна намесата на НКВД. Княгиня Мария Луиза Българска посочва в интервю, че няма категорична версия за случилото се, но че е убедена, че баща ѝ не е отровен от нацистите, или от англичаните, а от Изток.
В личния си дневник Йозеф Гьобелс изразява съмнения, че за смъртта на Борис III отговорност носи италианското правителство в лицето на премиера Пиетро Бадолио. Според Гьобелс, Хитлер е убеден, че италианският кралски двор е организаторът на отравянето на Борис III, тъй като принцеса Мафалда Савойска, сестра на Йоанна Българска, e на визита в България четири седмици преди смъртта на монарха. Според свидетелствата на Гьобелс, визитата на Мафалда Савойска приблизително съвпада по време със събитията от 25-ти юли 1943 г. – свалянето от власт на фашисткия диктатор Бенито Мусолини, подкрепено от Виктор Емануил III, баща на Йоанна Българска.
След петдневно поклонение в катедралата „Св. Александър Невски“, на 5-ти септември траурното шествие достига до Рилския манастир, където е погребан в манастирската църква.
Множество изпраща траурния влак с тялото на Цар Борис III, септември 1943 г.
Наследява го на престола невръстният му син цар Симеон II, от чието име управлява избраният от народното събрание регентски съвет – проф. Богдан Филов, княз Кирил и генерал-лейтенант Никола Михов до преврата на 9-ти септември 1944 г., когато е назначен от комунистите последният регентски съвет в състав: акад. Тодор Павлов, проф. Венелин Ганев и Цвятко Бобошевски, който управлява до установяването на републикански режим на 15-ти септември 1946 г.
През 1946 г., по нареждане на комунистическите управници и операция пряко ръководена от тогавашния комендант на Народната милиция в София Лев Главинчев, останките му са ексхумирани и осквернени, тялото му е препогребано в малък параклис в парка на двореца „Врана“. През 1954 г. по заповед на Вълко Червенков този параклис е взривен и заравнен, гробът унищожен.
В лявата страна от гроба се намира резба, изработена на 10-и октомври 1943 г. от жители на село Осой, Дебърска околия, с надпис:
“На своя Царь Освободитель Борисъ III отъ признателна Македония.”
След 10-ти ноември 1989 г. парламентарна комисия ръководи издирването на тленните останки на царя, но е открито само сърцето му, което се намира на гробното място в парка на двореца „Врана“. То е препогребано на мястото на възстановения гроб в Рилския манастир през 1993 г.
